Henry Lewis Stimson sinh tại Manhattan, Thành phố New York, là con trai của Lewis Atterbury Stimson, một bác sĩ phẫu thuật, và vợ là Candace Thurber Wheeler. Khi ông lên chín, mẹ ông chết vì bệnh suy thận, và ông được đưa đến trường nội trú.

Ông dành mùa hè với người bà Candace Wheeler tại ngôi nhà ở Catskills và chơi với cháu trai Dunham Wheeler, người gần bằng tuổi, ở "the Armory", biệt danh của một góc căn phòng lớn trong nhà.[1][2] Sống cạnh dãy núi Catskill, ông trở nên yêu thích thiên nhiên và thể thao.[3]

Ông học tại Học viện Phillips ở Andover, Massachusetts, nơi ông nảy sinh mối quan tâm dành cho tôn giáo và trở nên gần gũi với ngôi trường. Sau này ông trao tặng Woodley, căn nhà ở Washington, DC, cho ngôi trường trong di chúc của mình (tài sản này nay là trường Maret).[4] Ông là thành viên danh dự suốt đời của Câu lạc bộ Boone và Crockett, là câu lạc bộ bảo tồn động vật hoang dã đầu tiên của Bắc Mỹ do tổng thống Theodore Roosevelt sáng lập.[5] Ông là thành viên ban quản trị Phillips từ 1905 đến 1947 và giữ chức chủ tịch từ 1935 đến 1945.[6][7] Ông sau này tham dự Cao đẳng Yale, và được bầu vào Phi Beta Kappa. Ông cũng tham gia Skull and Bones, một hội kín nơi ông tạo nhiều mối liên lạc cho sau này.[8] Ông tốt nghiệp năm 1888 và tham dự Trường Luật Harvard, nơi ông tốt nghiệp năm 1890. Ông sau đó gia nhập công ty luật danh giá Root và Clark năm 1891 và trở thành một đối tác năm 1893. Elihu Root, người sau này làm Bộ trưởng Chiến tranh và Bộ trưởng Ngoại giao, có ảnh hưởng lớn lên Stimson và trở thành hình mẫu cho ông.[9]

Tháng 7 năm 1893, Stimson cưới Mabel Wellington White, chút (cháu của cháu) của Roger Sherman, một người lập quốc Hoa Kỳ, và là chị của Elizabeth Selden Rogers. Sau một lần dính quai bị, Stimson bị vô sinh và họ không có con.[10] Cặp đôi đi tuần trăng mật ở Kyoto, Nhật Bản, một chuyến đi được coi là ảnh hưởng lớn đến quyết định không thả bom nguyên tử lên thành phố này trong Thế chiến thứ hai.[11]

Năm 1906, Tổng thống Theodore Roosevelt bổ nhiệm Stimson làm Công tố viên Hoa Kỳ cho Quận Nam New York, nơi Stimson truy tố các vụ chống độc quyền một cách xuất sắc. Từ năm 1937 đến 1939, ông làm chủ tịch của Đoàn Luật sư Thành phố New York, nơi ông vẫn nhận được huy chương danh dự cho chức Công tố viên Hoa Kỳ.

Stimson là ứng cử viên Đảng Cộng hòa cho chức Thống đốc New York năm 1910 và thất bại.